aumônier de 1999 à 2009
Ordonné prêtre en 1966, il est nommé vicaire à la paroisse de Notre-Dame-de-Toutes-Joies de Nantes où il reste trois ans.
De 1969 à 1976, il est aumônier du lycée Jules-Verne et d'une troupe scoute. En 1976, il est nommé adjoint de Michel Viot comme aumônier des Scouts et Guides de France pour le diocèse de Nantes avant de devenir lui-même aumônier diocésain en titre deux ans plus tard. Il accompagne alors quelques années l'équipe nationale de la branche aînée (Jeunes en marche) des Guides de France.
À la suite de sa nomination à Sainte-Thérèse, il se retrouve aumônier de deux associations affiliées à la FSCF, les patronages la Laetitia et Vie et Joie. En 1979, il est affecté à la paroisse de Sainte-Thérèse de Nantes où il restera dix-sept ans.
De 1991 à 1997, Jean-Yves Saunier est aussi aumônier du comité départemental FSCF de Loire-Atlantique ainsi que du Mouvement eucharistique des jeunes (MEJ). C'est à la suite des animations de célébration lors des rencontres fédérales en Loire-Atlantique qu'il devient aumônier diocésain de la FSCF et s’implique dans la préparation de la célébration eucharistique du congrès fédéral de Nantes en 1997. En 1999, Mgr Soubrier, évêque de Nantes, le libère à mi-temps pour succéder, à l'aumônerie nationale, à Bernard Lemoine avec lequel il a déjà contribué à un groupe de réflexion du Grand Ouest sur l'évangélisation. Le renouvellement de ce détachement en 2002 puis en 2005 porte ce mandat à dix années. On lui doit des travaux de réflexion et d'opérations en liaison avec l'Union générale sportive de l'enseignement libre (UGSEL) et la fédération internationale catholique d'Éducation physique et sportive (FICEP), deux organismes créés par la fédération en 1911. De 1996 à 2005, il est prêtre coopérateur à Carquefou et ensuite vicaire en paroisse à Sautron.
Après avoir quitté l'aumônerie nationale de la FSCF, Jean-Yves Saunier se voit confier celle du mouvement Partage et Rencontre.